El parque goza de un clima adecuado para el desarrollo de los hongos, gracias a la mezcla del templado bosque valdiviano y frío nor-patagónico, que facilitan el avistamiento y el estudio de estos ejemplares. Con su diversidad de formas y colores, están presentes en todos los ecosistemas, en las aguas, en el suelo, en el aire, en los prados y en los bosques ejerciendo su labor de descompositores en la cadena trófica y ayudando a mantener el ecosistema sano y equilibrado.
Todavía se conoce poco de la biodiversidad de la Funga, en el parque, se han podido evidenciar varias especies, como el Hongo rojo pequeño, el Chicharron de monte y la Rosa negra, además, se han encontrado ejemplares de Flor de araña, un raro suceso de una planta que no hace fotosíntesis y que debe hacer simbiosis con un hongo para poder desarrollarse.